שמואל מכהן ככלכלן הראשי במשרד האוצר. בתפקידו הקודם היה סגן הכלכלנית הראשית. לפני כן כיהן כראש אגף מחקר במועצה הלאומית לכלכלה, משרד ראש הממשלה. גוף זה מייעץ לראש הממשלה ולממשלה בנושאים כלכליים ומסייע בגיבוש המדיניות הכלכלית-חברתית של ישראל. בתפקידו כראש אגף מחקר במועצה הלאומית לכלכלה שמואל היה אחראי על הטמעת מתודולוגיות, כלים ותהליכי מחקר לאסטרטגיה הממשלתית וכן על התנעה וריכוז עבודת המחקר של המועצה הלאומית לכלכלה. קודם לכן, שימש כחוקר בכיר בפורום קהלת וכאנליסט בתאגיד ראנד בארצות הברית. בין היתר, חקר סוגיות מדיניות הנוגעות לחיסכון הפנסיוני בישראל, יצוא אנרגיה, תעשיות ביטחוניות, מדיניות מקרו-כלכליות ומתודולוגיות לקבלת החלטות בתנאי אי ודאות. את דרכו במגזר הציבורי החל שמואל ככלכלן בכיר במועצה הלאומית לכלכלה וככלכלן באגף החשב הכללי במשרד האוצר.