קלי משמש בימים אלה כמנהל תוכנית מנדל למנהיגות נוער במכון למנהיגות של קרן מנדל ישראל. קודם לכך שימש כמזכ"ל תנועת הצופים העבריים בישראל משנת 2015 ועד 2023. במסגרת תפקידו היה אחראי לפעילות העמותה ותנועת הנוער בהיבט החינוכי, התקציבי והתפעולי. טרם הגעתו לתנועה מילא קלי במשך 12 שנים מגוון תפקידים בסוכנות היהודית. הראשון שבהם היה שליח קהילתי בטולסה שבאוקלהומה, והאחרון שבהם היה מנהל קשרי קהילה צפ"א של הסוכנות (ראש המשלחת הסוכנותית בארצות הברית ובקנדה) את הקריירה המקצועית שלו התחיל קלי בתנועת הצופים, שם התקדם במסלול התפתחותי תנועתי – מדריך שכבה, מרכז שבט, רכז הדרכה הנהגתי, ומנהל מחלקת הדרכה. בתפקידי האחרון היה מנהל מרחב צפון (סמזכ"ל).