נפתלי הוא מנכ"ל המרכז למורשת יהדות אתיופיה. בתפקידו הקודם הוא היה מנכ"ל טק-קריירה - ארגון המסייע לצעירים ולצעירות יוצאי אתיופיה לרכוש קריירה בעולם ההייטק ולפתח עצמאות כלכלית באמצעות הכשרה טכנולוגית, סדנאות העשרה, פיתוח אישי ושירותי השמה. כמו כן, קרוב לעשור, הוא חבר ועד מנהל בעמותת עולים ביחד שהוא שותף בייסודה ובמסגרת תפקידו גייס מעסיקים וארגונים לתוכנית ואלפי מתנדבים לעמותה. במקביל, הוא משמש כמרצה בנושא קושי כמנוף להצלחה במגוון מסגרות, עוסק בקידום יוצאי אתיופיה להשתלבות ממנפת בצה"ל ומייסד צוות לקידום ולשילוב יוצאי אתיופיה במערך הטכני של חיל האוויר. קודם לכן, עסק נפתלי בליווי צוותי הדרכה במסגרת הקמת אשבל - פנימייה לנוער בסיכון.