ניר הוא מנכ"ל עמותת אתגרים. בתפקידו הקודם היה מנכ"ל המכללה האקדמית בית ברל. לפני כן הוא היה מנכ"ל המרכז הישראלי למצוינות בחינוך וסמנכ"ל עמותת עתידים שאליה הגיע לאחר שירות ארוך בחיל האוויר כטייס קרב, שאותו סיים בתפקיד מפקד בית הספר לטיסה - שם הוא ממשיך לשמש כמדריך במילואים גם כיום.