מרדכי מכהן כמפקח במינהל לחינוך התיישבותי. בתפקידו הקודם הוא ניהל את הישיבה הריאלית אור מנחם חב"ד אשקלון ובמסגרת עבודתו קידם חזון של שילוב מקצועות קודש ומקצועות ליב"ה ברמה אקדמית גבוהה, פיתוח תוכניות לימוד ייחודיות ופיתוח מקצועי של סגלי ההוראה, והוביל את הישיבה לעלייה ניכרת באחוזי הזכאות במבחני הבגרות. בשנת תשע"ה הוא הקים מסלול טכנולוגי ללימודי י"ג-י"ד במקצועות ההנדסה לאוכלוסייה החרדית. בנוסף, הוא הקים קליניקת שיקום באומנות וטיפול קוגניטיבי רגשי ב-C.B.T, המתמקדת בשיקום ילדים ושואפת לגרום לכלל תלמידי ישראל להאמין בעצמם וביכולתם ליצור ולהגשים את חלומותיהם. מרדכי הוא יועץ לענייני משפחה ומקיים סדנאות ומעגלי שיח בתחומי המשפחה והחינוך. בצבא שירת כלוחם וכמפקד ביחידת הצנחנים.