יונתן משמש בישראכרט כסמנכ"ל האחראי על מניעת הונאות בכרטיסי אשראי, על קידום תחומי הפעילות של החברה מול הרגולטורים השונים ועל דוברות החברה. לפני כן שימש כעוזר מנכ"ל ישראכרט והוביל נושאים רוחביים בחברה, ובהם התמודדות החברה עם היפרדות מבעלות בנק הפועלים והפיכתה לחברה ציבורית. בעבר עבד יונתן כעשר שנים באגף התקציבים במשרד האוצר ושימש בין היתר כסגן הממונה על התקציבים האחראי על התחומים הכלכליים. במסגרת זו היה שותף לתכנון, קידום וניהול רפורמות מבניות במשק ובהן קידום רגולציה וחקיקה לקידום תחרותיות ויוקר המחיה (חיבור מפעלים לגז טבעי, תחום המזון, רפורמה בתקינה), קידום עסקים קטנים (הקרן לעסקים קטנים, קרנות הון צמיחה), קידום תשתיות תקשורת מתקדמות (דור רביעי בסלולר, מיזם הסיבים האופטיים), גיבוש תוכניות לתמיכה ממשלתית בחדשנות וגיוון יעדי הייצוא (רשות החדשנות, תוכניות הודו-סין).