מאז שנת 2009 משמש יונתן כמייסד וכמנכ"ל ישראל תורמת - המסייעת לעמותות ולארגונים לקדם את עצמם באינטרנט ולגייס תרומות ומפעילה אתר המאפשר לתרום לכל העמותות הפועלות בישראל. קודם לכן עבד ארבע שנים כסמנכ"ל עמותת לקט ישראל - ארגון גג להצלת מזון בישראל המבטיח שעודפי מזון יגיעו לאנשים הנזקקים לו. את התמחותו המשפטית עשה בעמותת ידיד - להעצמת השכבות החלשות בישראל. יונתן שירת כחובש קרבי בחטיבת גבעתי.