יונה הוא סמנכ"ל חינוך ופדגוגיה ברשת ישיבות ואולפנות בני עקיבא וחבר מועצת החמ"ד - הגוף הסטטוטורי שמנחה את מדיניות החמ”ד בישראל בשאלות עקרוניות. בתפקידו הקודם הוא שימש כמנהל החינוכי של רשת ישיבות ואולפנות בני עקיבא. במשך השנים הוא עסק בחינוך הפורמלי והלא פורמלי. במשך 12 שנים יונה היה פעיל בעמותה ארצית שמסייעת לקהילות להתמודד עם מצבי אובדן וטראומה, בעיקר על רקע טרור ומלחמות; ריכז פרויקט שיקום ארצי לבני הנוער שפונו מגוש קטיף; היה מזכ"ל תנועת הנוער בני עקיבא, ומילא מגוון תפקידי ניהול והוראה במכללה האקדמית אורות ישראל, כולל הקמה וניהול של המכון לפיתוח מנהיגות חינוכית והכשרת מחנכים.