אפרת היא יועצת עסקית ומנטורית. בתפקידה הקודם הייתה נשיאת פיליפס ישראל, חברה המונה כ-1,700 עובדים בישראל ועוסקת בפיתוח, ייצור ושיווק בתחומי הטכנולוגיה הרפואית, רפואה דיגיטלית, רדיולוגיה, קרדיולוגיה והדמיה רפואית. קודם לכן הייתה מנכ"לית החטיבה הגלובלית של פיליפס לאפליקציות דימות קליניות (Imaging Clinical Application Platform) והקימה את מיזם מערכות המידע האונקולוגיות (Oncology Informatics) של פיליפס הממוקד בפיתוח מערכות מידע תומכות החלטה לתחום האונקולוגי. לפני כן ניהלה קבוצת מחקר קליני בתחום הדימות. אפרת מכהנת כחברה במועצת המנהלים של IATI ( האיגוד הישראלי לתעשיות מתקדמות) וחברה ב 8400 - רשת הבריאות.