אפרת היא מנכ"לית עמותת נט"ל - נפגעי טראומה על רקע לאומי. בשנים 2016-2020 שימשה כמנכ"לית קרן הזדמנות לקידום השירות האזרחי. משנת 2010 שימשה כמנכ"לית עמותת עלם – עמותה לנוער במצבי סיכון המהווה ארגון ארצי, מבוזר ומקצועי, מהארגונים המובילים במגזר השלישי בישראל. בתפקידיה הקודמים בעלם ניהלה את המחלקה לפיתוח משאבים ואת המחלקה המשפטית בעמותה. בעברה שימשה כעורכת דין מסחרית במחלקת שוק ההון במשרד עורכי הדין ברץ ושות‘. אפרת ממלאת תפקידים ציבוריים: יו"רית השולחן העגול התלת מגזרי במשרד רוה"מ בראשות ראש הממשלה, דירקטורית בחברת יוזמות תעסוקתיות לנוער בע"מ ודירקטורית בחברת קבוצת ליליות בע"מ. את שירותה הצבאי סיימה כקצינת חינוך ביחידת ההסברה בהר גילה.