אלי הוא מנכ"ל פרויקטים חינוכיים בעמותת יד אליעזר ובמסגרת תפקידו ממונה על ניהול מיזמים חינוכיים ברמה ארצית בתחום הפדגוגי, התקציבי והניהולי מול הרשויות המקומיות ומשרדי הממשלה. קודם לכן ניהל סניפים בעמותה, תפקיד שבמסגרתו הכשיר ופיקח על הפעילות. בשנים 2021-2013 כיהן (בהתנדבות) כיו"ר המִנהל הקהילתי בשכונת נווה יעקב בירושלים. בשנת 2006 נמנה עם מייסדי עמותת איחוד הצלה והוא חבר בהנהלה הארצית של הארגון. בשנת 2017 נמנה עם מייסדי עמותת ענ"ף - פעילים עבור הנוער במגזר החרדי.