אלי הוא מנכ"ל כל ישראל חברים ועורך האתר החכם היומי. בעבר היה סמנכ"ל חינוך בכל ישראל חברים, ראש בית המדרש ממזרח שמש למנהיגות חברתית, ומנהל בית הלל באוניברסיטה העברית. הוא שימש כיו"ר פנים – איגוד הארגונים להתחדשות יהודית, יו"ר רשת בתי המדרש בישראל ויו"ר עמותת נוער צדק חברתי. הוא היה חבר בוועדת ביטון להעצמת הזהות של יהדות ספרד והמזרח במערכת החינוך, חבר במועצה הבינלאומית של הקרן החדשה לישראל, חבר ועדת פרס פועל/ת צדק בחינוך, וחבר ועד מעיין החינוך הדמוקרטי. אלי ערך את הספר "א-מיתיות: צדק-חברתי, מגדר ומדרש", ויזם את הוצאת הספר "מסורת בעידן מודרני: חכמים ספרדים בדורות האחרונים". הוא זוכה פרס זכויות האדם של NIF – אנגליה.