משנת 1993 ועד לשנת 2016 שימש אילן בתפקידי שטח במנהלה לקידום הבדואים בנגב שבמנהל מקרקעי ישראל, האמונה על הטיפול בהסדרת התיישבות הבדואים בנגב. החל משנת 2007 הוא יו"ר המנהלה בפועל. בשנת 2009, עם הקמתה של הרשות להסדרת ההתיישבות הבדואית בנגב (במקומה של המנהלה), שימש כסמנכ"ל הרשות. משנת 2013 אילן הוא מנהל מרחב דרום בחטיבת שמירה על הקרקע של רשות מקרקעי ישראל.